متن پیام تسلیت حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر حسن روحانی به این شرح است:
انالله و انا الیه راجعون
إذا ماتَ المومن الفقیه ثُلِمَ فی ألإسلام ثُلمهً لا یَسُدّها شَیء
ارتحال عالم مجاهد حضرت آیت الله سید محمود هاشمی شاهرودی، رئیس فقید مجمع تشخیص مصلحت نظام، موجب اندوه و تألم عمیق گردید.
این استاد برجسته حوزه و فقاهت که افتخار درس‌‌آموزی در محضر اساتید بزرگی همچون شهید صدر را داشت، تمام عمر پر برکت خود را با مشی اعتدالی و ترویج خردورزی و همگرایی، وقف گسترش معارف عالی دینی و سیره اهل بیت علیهم السلام و تربیت شاگردانی مبرز نمود؛ و نیز طی چهار دهه گذشته در خطیرترین و تأثیرگذارترین مسوولیت‌ها نظیر عضویت در شورای نگهبان، ریاست قوه قضائیه، عضویت در مجلس خبرگان رهبری و سرانجام ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام، منشاء تحولات و خدمات ارزنده بود.
آن مرحوم، همچنین ضمن خلق آثار متعدد علمی و فقهی فاخر، برای ارتقای فرهنگ و تمدن اسلامی - ایرانی، تقویت ارتباط بین حوزه و دانشگاه و توسعه علوم انسانی، «دانشگاه عدالت» را تأسیس نمود تا گامی مهم و ماندگار در نشر فرهنگ اسلامی و علوم قضایی باشد.
اینجانب این ضایعه بزرگ را به محضر رهبر معظم انقلاب، مراجع عظام تقلید، علما و فضلای مکرم، حوزه‌های علمیه، اعضای محترم مجمع تشخیص مصلحت نظام، ملت قدرشناس ایران، شاگردان آن مرحوم و بویژه بیت محترم ایشان تسلیت می‌گویم و از درگاه خداوند متعال برای آن عالم پرهیزگار علو درجات و همجواری با اجداد مطهرشان و برای عموم بازماندگان صبر و اجر مسألت دارم.
حسن روحانی
رئیس جمهوری اسلامی ایران
 
 رئیس قوه قضائیه هم در پیامی ارتحال «آیت الله سید محمود هاشمی شاهرودی» را تسلیت گفت.
 
 متن کامل پیام تسلیت رئیس قوه قضاییه به شرح ذیل است:

بسم الله الرحمن الرحیم
انالله و اناالیه راجعون
قال رسول الله (صلی الله علیه و آله): إذا مات العالم ثلم فی الإسلام ثَلمة لایسدّها شیء إلی یوم القیامة
خبر ارتحال عالم مجاهد و فقیه وارسته حضرت آیت الله هاشمی شاهرودی موجب تأسف و تألم فراوان گردید.
ضایعه مولمه درگذشت این فقیه عرصه جهاد و اجتهاد را که در دوران ریاست قوه قضاییه منشأ تحولات­ بسیاری در دستگاه قضایی بودند و در سنگر شورای نگهبان، مجمع تشخیص مصلحت نظام و مجلس خبرگان رهبری در مسیر وحدت، انسجام و سلامت نظام مقدس جمهوری اسلامی گام بر می داشتند و در حوزه های علمیه منشأ خدمات علمی بسیاری بودند را به محضر حضرت ولی عصر(عج)، مقام معظم رهبری(مدظله العالی)، حوزه های علمیه و بیت معظم ایشان تسلیت می گویم و علو درجات و رحمت واسعه الهی برای آن فقید سعید و صبر جمیل و اجر جزیل برای بازماندگان را از درگاه حضرت حق مسئلت دارم.

رئیس مجلس شورای اسلامی هم در پیامی درگذشت حضرت آیت الله سید محمود هاشمی شاهرودی، رئیس فقید مجمع تشخیص مصلحت نظام را تسلیت گفت.

متن پیام به شرح ذیل است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
ارتحال عالم ربانی، روحانی جلیل القدر و یار و یاور دیرین انقلاب و نظام­حضرت آیت الله سید محمود هاشمی شاهرودی­رئیس فقید مجمع تشخیص مصلحت نظام­، پس از تحمل یک دوره بیماری، موجب تاسف و تاثر گردید.
ایشان مزین به تبار سادات و از خاندان معظم روحانیت و فقاهت و مروج مکتب اسلام و اهل بیت عصمت و طهارت علیهم السلام بودند.
آیت الله هاشمی شاهرودی به دلیل هوش سرشار و کوشش فراوان در فراگیری علوم دینی در حلقه درس آیات آیات عظام خویی و­ شهید سید محمدباقر صدر قرار گرفت و در محضر این اساتید به تحکیم مبانی اجتهادی خود پرداخت .
ایشان علاوه بر اینکه از چهره های درخشان­ در علوم اسلامی بودند، در شورای نگهبان و قوه قضائیه، منشأ خدمات فراوانی شدند.
اینجانب ضمن عرض تسلیت ضایعه ارتحال این روحانی گرانقدر و خدوم به محضر ملت شریف ایران، مقام معظم رهبری، حوزه های مقدسه علمیه قم و نجف ، شاگردان، ارادتمندان و بیت مکرم ایشان، برای آن عزیز سفر کرده رحمت واسعه و علو درجات و برای بازماندگان صبر و اجر از درگاه خداوند متعال مسئلت می کنم.

 وزرای کابینه هم ارتحال «آیت الله هاشمی شاهرودی» را تسلیت گفتند.
 
«آیت الله هاشمی شاهرودی» رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام دیشب پس از مدت ها تحمل بیماری دار فانی را وداع گفت.
 
این عالم مجاهد ضمن عضویت در جامعه مدرسین حوزه علمیه قم درمناصبی همچون ریاست قوه قضائیه، ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام، عضویت در شورای نگهبان، مجلس خبرگان و ریاست‌ مؤسسه‌ دایرة‌المعارف‌ فقه‌ اسلامی خدمات گران‌‌‌‌‌‌‌قدری ارائه کرد.
 
داوودی رئیس دفتر رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام گفت: مراسم تشییع و تدفین مرحوم آیت الله هاشمی شاهرودی به زودی اعلام خواهد شد.